En termes simples, une eau en bon état est :
une eau qui permet une vie animale et végétale, riche et variée,
une eau exempte de produits toxiques,
une eau qui permet une vie animale et végétale, riche et variée, une eau exempte de produits toxiques,
une eau disponible en quantité suffisante pour satisfaire tous les usages.
Pour les eaux souterraines
L'état est évalué au regard de l'état chimique et de l'état quantitatif de l'aquifère.
L'état chimique des eaux souterraines est considéré comme "bon" lorsque les concentrations en polluants ne dépassent pas les normes et valeurs seuils, mais aussi lorsqu'elles n'entravent pas l'atteinte des objectifs fixés pour les masses d'eaux de surface alimentées par les eaux souterraines considérées, et lorsqu'il n'est constaté aucune intrusion d'eau salée due aux activités humaines.
Le bon état quantitatif d'une eau souterraine est atteint lorsque les prélèvements ne dépassent pas la capacité de renouvellement de la ressource disponible, compte tenu de la nécessaire alimentation des écosystèmes de surface.
L'état chimique des eaux souterraines est considéré comme "bon" lorsque les concentrations en polluants ne dépassent pas les normes et valeurs seuils, mais aussi lorsqu'elles n'entravent pas l'atteinte des objectifs fixés pour les masses d'eaux de surface alimentées par les eaux souterraines considérées, et lorsqu'il n'est constaté aucune intrusion d'eau salée due aux activités humaines.
Le bon état quantitatif d'une eau souterraine est atteint lorsque les prélèvements ne dépassent pas la capacité de renouvellement de la ressource disponible, compte tenu de la nécessaire alimentation des écosystèmes de surface.
Pour les eaux superficielles (cours d’eau, plans d’eau, eaux littorales)
Le « bon état » consiste à la fois en : un "bon état écologique" prenant en compte la qualité de l'ensemble des compartiments écologiques : eau, faune, flore, habitat. Ces derniers sont témoins de la circulation des pollutions non détectées par les analyses physico-chimiques. Il se caractérise par un écart aux 'conditions de référence' (propres à chaque type de masse d'eau, et représentatives d'une eau pas ou très peu influencée par l'activité humaine) suivant une échelle de 5 classes du très bon au mauvais et un "bon état chimique" de l'eau, lorsque sont respectées certaines concentrations de substances prioritaires (métaux, pesticides, etc.). Il suffit qu'un paramètre dépasse le seuil fixé par les normes en vigueur (dites normes de qualité environnementale) pour que la masse d'eau ne soit pas considérée en bon état.
Les éléments de qualité permettant de définir la qualité de l'état écologique d'une masse d'eau de surface sont ainsi constitués aussi bien d'éléments biologiques (phytoplancton, macroalgues, angiospermes, invertébrés, poissons, etc.) que physico-chimiques (température, oxygène, nutriments, salinité, turbidité, etc.) ou hydromorphologiques.
Les diverses activités anthropiques qui s'exercent sur les bassins versants, le littoral et en mer déversent de façon chronique de nombreuses substances chimiques qui peuvent avoir un impact sur l'environnement et/ou la santé humaine. En effet, certaines substances provoquent une toxicité chronique ou aiguë chez les organismes marins, une diminution ou perte d'habitat et de biodiversité. La pollution chimique peut aussi entraîner des problèmes sanitaires : ingestion de coquillages contaminés, altération de la qualité des eaux de baignades…